Второе поколение выпускалось в 1990 — 1995 г. для европейского рынка, в 1989 — 1997 г. для японского, 1990 — 1999 г, для американского. Оснащались моторами 3S-GE (2000 см, 165 л.с., атмосферный) и 3S-GTE (2000 см, 225 л.с., турбо). После 1993 года был проведен небольшой рестайлинг модели и увеличена мощность моторов: 3S-GE до 180 л.с. и 3S-GTE до 245 л.с. Второе поколение МR-2 выпускалось в двух вариантах кузова: купе и тарга (версия «T-bar roof»)